Rusijos imperija
1795 m. padalinus ATR, Kaunas įėjo į Rusijos imperijos sudėtį. 1800 m. gaisras sunaikino trečdalį miesto. 1808 m. magistratą pakeitė miesto dūma. Užklupus 1812 m. karui, kurio metu Napoleono armija ties Kaunu kėlėsi per Nemuną, miestas buvo nuniokotas net du kartus. Iš pradžių Napoleonas apsistojo birželio 23 d. Aleksote, tuomet ištyrinėjo kur geriausia bus perkelti kariuomenę per upę, ir birželio 25 d. maždaug tiesAukštąja Panemune per tris plūduriuojančius tiltus perkelė savo armiją į Žemuosiuose Šančiuose esančią lygumą. Pasakojama, kad kariaunos perkėlimą jis stebėjęs prie Jiesios žiočių, nuo Jiesios piliakalnio, vėliau imto vadinti Napoleono kalnu. Prancūzų kariauna miestą buvo užėmusi nuo 1812 m. birželio iki gruodžio.
1842 m. įkūrus Kauno guberniją, miestas tapo gubernijos centru. Mieste lankėsi Rusijos imperatoriai Nikolajus I ir Aleksandras II. Jie gyveno Kauno rotušės apartamentuose, pertvarkytuose į carų rūmus. Pagal 1847 m. plėtros planą imta statyti Naujamiestį. Po imperijos žlugimo rūmuose buvę brangūs daiktai buvo išvogti arba išgabenti į Rusiją. 1861–1862 m. nutiesta Sankt Peterburgo–Varšuvos geležinkelio atšaka iš Lentvario į Virbalį ir Kauno geležinkelio tunelis, siejusi Rusijos imperiją su Vokietija, 1898 m. pradėjo veikti pirmoji elektrinė – visa tai padėjo vystytis miesto pramonei ir prekybai. Miesto kultūrinis gyvenimas pagyvėjo 1864 m. iš Varnių atkėlus Žemaičių vyskupijos centrą ir kunigų seminariją. 1876 m. gatvės apšviestos žibalinėmis lempomis, 1899 m. – elektra. 1892 m. įkuriamas teatras, 1898 m. – miesto muziejus. 1889 m. prijungtas Žaliakalnis. Tačiau buvo vienas miesto augimą ribojęs faktorius – Kauno tvirtovės fortų statyba, trukusi nuo 1882 iki 1914 metų. XIX a. pabaigoje Kaune gyveno labai mažai lietuvių (apie 6 proc. miesto gyventojų), o dėl Kauno tvirtovės buvo daug karių (1897 m. iš 88,6 tūkst. gyventojų 36,9 tūkst. buvo kariškiai ir jų šeimos). Tolesnę Kauno plėtrą sustabdė Pirmasis pasaulinis karas. Nuo 1915 m. pabaigos iki 1919 m. Kaune šeimininkavo kaizerinės Vokietijos okupantai.
1905 m. sausio 29 d. Rotušės aikštėje atidarytas pirmasis Kaune lietuviškas knygynas. 1913 m. mieste kursavo 21 prekinis ir keleivinis laivas. Rusams veržiantis į Lietuvą, 1918 m. gruodžio 31 d. Kaune įsikūrė Lietuvos vyriausybė, kariuomenės vadovybė, 1919 m. pradžioje – Valstybės Taryba ir Ministrų kabinetas, kitos įstaigos, tapo Laikinąja sostine, svarbiausiu Lietuvos miestu. 1920 m. Kaune susirinko Steigiamasis Seimas, padėjęs atkurtos Lietuvos valstybės teisinius pagrindus, Seimas posėdžiavo Kaune 1920–1927 ir 1936–1940 m.
1842 m. įkūrus Kauno guberniją, miestas tapo gubernijos centru. Mieste lankėsi Rusijos imperatoriai Nikolajus I ir Aleksandras II. Jie gyveno Kauno rotušės apartamentuose, pertvarkytuose į carų rūmus. Pagal 1847 m. plėtros planą imta statyti Naujamiestį. Po imperijos žlugimo rūmuose buvę brangūs daiktai buvo išvogti arba išgabenti į Rusiją. 1861–1862 m. nutiesta Sankt Peterburgo–Varšuvos geležinkelio atšaka iš Lentvario į Virbalį ir Kauno geležinkelio tunelis, siejusi Rusijos imperiją su Vokietija, 1898 m. pradėjo veikti pirmoji elektrinė – visa tai padėjo vystytis miesto pramonei ir prekybai. Miesto kultūrinis gyvenimas pagyvėjo 1864 m. iš Varnių atkėlus Žemaičių vyskupijos centrą ir kunigų seminariją. 1876 m. gatvės apšviestos žibalinėmis lempomis, 1899 m. – elektra. 1892 m. įkuriamas teatras, 1898 m. – miesto muziejus. 1889 m. prijungtas Žaliakalnis. Tačiau buvo vienas miesto augimą ribojęs faktorius – Kauno tvirtovės fortų statyba, trukusi nuo 1882 iki 1914 metų. XIX a. pabaigoje Kaune gyveno labai mažai lietuvių (apie 6 proc. miesto gyventojų), o dėl Kauno tvirtovės buvo daug karių (1897 m. iš 88,6 tūkst. gyventojų 36,9 tūkst. buvo kariškiai ir jų šeimos). Tolesnę Kauno plėtrą sustabdė Pirmasis pasaulinis karas. Nuo 1915 m. pabaigos iki 1919 m. Kaune šeimininkavo kaizerinės Vokietijos okupantai.
1905 m. sausio 29 d. Rotušės aikštėje atidarytas pirmasis Kaune lietuviškas knygynas. 1913 m. mieste kursavo 21 prekinis ir keleivinis laivas. Rusams veržiantis į Lietuvą, 1918 m. gruodžio 31 d. Kaune įsikūrė Lietuvos vyriausybė, kariuomenės vadovybė, 1919 m. pradžioje – Valstybės Taryba ir Ministrų kabinetas, kitos įstaigos, tapo Laikinąja sostine, svarbiausiu Lietuvos miestu. 1920 m. Kaune susirinko Steigiamasis Seimas, padėjęs atkurtos Lietuvos valstybės teisinius pagrindus, Seimas posėdžiavo Kaune 1920–1927 ir 1936–1940 m.